En los albores de la colonia, los habitantes de Costa Rica no contaron con profesionales médicos que se dedicaran a atender a los enfermos y, en consecuencia, recurrían a los indios que se hacían pasar por brujos o algunos españoles que se decían expertos en la curación de enfermedades.  Por lo general estos curanderos empleaban hierbas en la preparación de sus medicamentos.

Al dictar el Congreso Constitucional la ley No. 362, de fecha 26 de agosto de 1940, que fundó la Universidad de Costa Rica, dispuso que la Institución que se llamó hasta entonces Facultad de Medicina, se siguiera conociendo con el nombre de Colegio de Médicos y Cirujanos, el cual tendría las mismas atribuciones que antes había correspondido a aquélla y que, cuando se creará la Escuela de Medicina de Costa Rica, todo lo concerniente a la Enseñanza Médica pasaría a la referida Escuela, que se denominaría con toda propiedad Facultad de Medicina de Costa Rica.

En consecuencia, el Colegio de Médicos y Cirujanos desde aquella fecha continuó cumpliendo con su misión en la vida médica del país y poco a poco la Facultad de Medicina fue asumiendo las funciones de orden didáctico que tenía antes a su cargo el Colegio.