La existencia actual del Colegio de Médicos se rige por la Ley Número 3019, promulgada el 09 de agosto de 1962 y reformada por Ley Número 3671 del 18 de abril de 1966.

Según lo establece el artículo 10 de esta ley "El Colegio ejercerá sus funciones a través de sus organismos respectivos, constituidos por la Asamblea General, Junta de Gobierno y por las delegaciones que una y otra hagan".

Por medio de acuerdo de Junta de Gobierno Nº SJG.1162.10.05 en su Sesión Ordinaria Nº 2005.10.12 celebrada el doce de octubre de dos mil cinco, la Junta de Gobierno acordó aprobar el Organigrama de la Estructura Jerárquica del Colegio de Médicos y Cirujanos, quedando de la siguiente manera:

Asamblea General

Según lo establece la Ley Orgánica del Colegio en su artículo 12, la Asamblea General corresponde la suprema regencia del Colegio y está constituida por todos los médicos debidamente incorporados, además sus atribuciones son: 

1. Elegir la Junta de Gobierno y conocer de las renuncias de sus miembros.
2. Conocer de los informes que rinda la Junta de Gobierno.
3. Aprobar o revocar actos de la Junta de Gobierno en el caso de apelación.
4. Conocer de las quejas que se presenten contra los miembros de la Junta de Gobierno.
5. Dictar los reglamentos necesarios para que el Colegio llene su cometido. Esos reglamentos deberán interpretar fielmente el espíritu de la presente ley y para su validez deben ser aprobados por el Poder Ejecutivo.
6. Aplicar, en cada caso, las correcciones disciplinarias a que se hagan acreedores los profesionales inscritos.
7. Las demás funciones que la ley, el reglamento u otras leyes le señalen.

Tribunal de Elecciones

En el Reglamento a la Ley Orgánica del Colegio de Médicos, específicamente en el artículo Nº 35, establece que habrá un Tribunal de Elecciones que tendrá a su cargo todo lo relativo al proceso de elección de miembros de la Junta de Gobierno. Estará integrado por cinco miembros, dos de ellos deberán haber pertenecido a Juntas anteriores, de nombramiento de la Junta, por un período de dos años. La Junta hará el nombramiento en el mes de febrero del año que corresponda a la toma de posesión del presidente del Colegio.

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Tribunal de Moral

Según lo establece el Código de Moral Médica, Decreto Nº 13032-P-SPPS del 15 de octubre de 1981 y publicado en la Gaceta Nº 205 del 27 de octubre de 1981, el Tribunal está conformado por un Presidente y seis miembros.
 
Misión: Rescatar y fortalecer los valores en los funcionarios y generar una actitud humana de permanencia respeto por el usuario y mayor compromiso con la labor encomendada.

Objetivo: Lograr espacios para la formación de los trabajadores y reafirmar valores positivos para preservar los más nobles ideales que sustentan nuestra Institución.

Función Específica: Juzgar y calificar la gravedad de una falta cometida al Código de Moral y Ética, transcribir su dictamen a la Junta de Gobierno del Colegio de Médicos y Cirujanos, a la que le corresponde poner la sanción del caso.

Normativa: El Tribunal de Moral Médica esta normado por el Código de Moral Médica que consta de 83º artículos.

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Junta de Gobierno 

El artículo Nº 13 de la Ley Orgánica del Colegio de Médicos establece que la Junta de Gobierno se compondrá de siete miembros, Presidente, Vicepresidente, Primer Vocal, Segundo Vocal, Fiscal, Tesorero y Secretario. Sus miembros durarán en funciones de dos años; se removerán por mitades y no podrán ser reelectos para el período inmediato o siguiente.

Las atribuciones que le corresponden a la Junta de Gobierno, según lo establece el artículo Nº 14, son las siguientes:

1. Desempeñar las funciones públicas que son propias del Colegio, en la forma que prescribe el reglamento.
2. Nombrar y remover empleados del Colegio.
3. Conocer las solicitudes de permisos por ausencia del país o por  enfermedades de los miembros de la Junta de Gobierno y nombrar interinamente el vocal respectivo, de acuerdo con el reglamento.
4. En caso de renuncia o suspensión de un miembro de la Junta de Gobierno, ésta convocará a la Asamblea General para conocer de ella y si fuere del caso, nombrar el sustituto. En caso de muerte de un miembro de la Junta de Gobierno se procederá de la misma forma.
5. Conocer, en primer término, de las quejas contra miembros del Colegio en ejercicio de la profesión y aplicar las sanciones disciplinarias.
6. Administrar los fondos del Colegio.
7. Convocar extraordinariamente la Asamblea General.
8. Evacuar las consultas.
9. Demás funciones que establezca la ley y su reglamento.

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Gerencia Médica Administrativa

Por acuerdo de Junta de Gobierno Nº SJG.1191.10.05, en la sesión ordinaria celebrada el 19 de octubre del año 2005, se crea la unidad de la Gerencia Médica, la cual tendrá las siguientes funciones:

1. Debe proponer a la Junta de Gobierno los programas de inversión, compras y  contratos para fines de Direccionar la Organización y garantizar que se disponga de los recursos necesarios, oportunos y suficientes para el logro de los objetivos plantados por la Junta de Gobierno del Colegio de Médicos.
2. Coordina las acciones para que las labores del Colegio bajo su responsabilidad directa,  se ejecuten eficientemente.
3. En acatamiento de las directrices especificas de la Junta de Gobierno, confecciona junto con las instancias correspondientes el presupuesto operativo anual así como el presupuesto de inversiones y lo plantea ante la Junta de Gobierno para su decisión.
4. Junto al  presupuesto anual, debe presentar una proyección de presupuesto bianual (para los dos años  siguientes) considerando los ingresos y egresos de los períodos
5. Es responsable por monitoreo  y evaluación de los programas anuales aprobados por la Junta de Gobierno.
6. Tiene la obligatoriedad de vigilar el adecuado cumplimiento de las responsabilidades y tareas de las diferentes dependencias bajo su autoridad
7. Tiene delegación de autoridad administrativa de la Junta de Gobierno sobre aquellas unidades incluidas bajo su responsabilidad.
8. Asuntos específicos, de acuerdo a los lineamientos y  de delegación de autoridad financiera definida por la Junta de Gobierno.
9. Es responsable de que cada dependencia de la administración del Colegio tenga actualizados y aprobados por la Gerencia Médica los manuales de organización y funcionamiento.
10. Atiende las tareas y actividades afines a su cargo que la Junta de Gobierno le asigne temporal o definitivamente,  tales como atención de requerimientos de los médicos, asistencia reuniones de trabajo con otras instituciones relacionadas con el Colegio o con la actividades médicas, tanto de formación como de ejercicio de de la profesión.

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Centro de Documentación e Información

El centro de documentación e información del Colegio de Médicos tiene como fin: Reunir, conservar, organizar y facilitar los documentos  textuales del Colegio de Médicos y Cirujanos de Costa Rica.

Además, son parte de sus funciones:

1. Custodiar y organizar adecuadamente todos los bienes y servicios que se dispone en el Centro de Información y Documentación del Colegio de Médicos y Cirujanos.
2. Custodiar todos los expediente curriculares de todos los colegiados inscritos en el Colegio de Médicos.
3. Custodiar toda la información documentada en el archivo, libros folletos, revistas, planos y otros documentos que conforman el historial del Colegio de Médicos y Cirujanos.
4. Actualizar la base de datos de los Acuerdos de Junta Directiva y archivarlos según corresponda.
5. Velar por la debida actualización de los expedientes curriculares de cada uno de los Colegiados, tanto en el archivo físico como en el Sistema de Información.
6. Velar por la custodia y actualización de la información y material bibliográfico que se maneja en el Centro.
7. Aplicar y elaborar las tablas de plazo para la documentación producida cada año de los diferentes departamentos de la Institución.
8. Formular recomendaciones técnicas sobre la producción y la gestión de documentos.
9. Valorar los documentos de los archivos para efecto de la selección.

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Asesoría Legal Interna 

Su principal objetivo es la de: asesorar, supervisar y colaborar en materia legal con el Colegio de Médicos y Cirujanos y sus distintas instancias, con el fin de contar con una disponibilidad y permanencia de esa asesoría.

Entre las funciones que desempeña la Asesoría Legal Interna, están:

1. Cuando así se requiera, asesorar a la Junta de Gobierno y a la Administración en materia legal de una manera permanente.
2. Brindar apoyo a la Junta de Gobierno en los asuntos que ésta le encomiende en materia legal.
3. Supervisar la correcta toma de actas, la redacción de los acuerdos, su notificación y ejecución, con el fin de que se cumpla lo establecido.
4. Coordinar con la asesoría legal externa al Colegio el trámite de cualquier gestión legal que ésta se encuentre realizando.
5. Participar en la elaboración de los documentos de carácter técnico-legal que le sean encomendados por la Junta de Gobierno o la Administración.
6. Colaborar con la revisión de expedientes y documentación que se tramite en otras instancias públicas o privadas, relacionadas con el Colegio de Médicos y Cirujanos y/o sus colegiados.
7. Brindar apoyo en materia legal a las diferentes unidades del Colegio.
8. Brindar atención al público y evacuar consultas, ya sea de forma presencial o vía telefónica en los asuntos de carácter legal.
9. Realizar otras labores afines al puesto, que solicite la Junta de Gobierno o la Administración.

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Dirección Administrativa -Financiera

Objetivo:

Planear, organizar, ejecutar y supervisar el buen funcionamiento de la Institución en materia administrativa y financiera.
 
Funciones principales:

1. Ejecutar las directrices de la Gerencia Médica y Junta de Gobierno en materia administrativa y financiera.
2. Formular y proponer políticas y normas a la Gerencia Médica, así como diseñar, establecer y aplicar sistemas y procedimientos requeridos para mejorar los procesos administrativos.
3. Realizar el presupuesto anual y presentarlo a la Gerencia Médica con el fin de buscar su aprobación para ejecutarlo y mantener un adecuado control sobre el mismo.
4. Supervisar las labores y el desempeño del personal del Colegio en las funciones que realizan.
5. Supervisar y controlar los procesos operativos que se desprenden de las unidades bajo su responsabilidad.
6. Brindar información oportuna y confiable sobre las inquietudes que se presenten, tanto a personas internas como las externas a la Institución.
7. Trasladar a la Junta de Gobierno las recomendaciones necesarias para mantener el buen funcionamiento de las instalaciones y las diferentes unidades bajo su responsabilidad.

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